تعود القضية التي يحاكم فيها الرئيس المعزول محمد مرسي و131 آخرون، بما يعرف إعلامياً بقضية "اقتحام السجون" إلى الفترة من عام 2010 حتى 2011.
فبحسب قرار الإحالة الخاص بالقضية من قبل النيابة العامة، فإن عناصر من الإخوان وحماس وحزب الله ارتكبوا عمداً أفعالاً تمس باستقلال البلاد وسلامة أراضيها تزامناً مع اندلاع تظاهرات ثورة 25 يناير.
ومع "جمعة الغضب" التي وافقت 28 يناير 2011، هاجمت هذه المجموعات المناطق الحدودية من الجهة الشرقية مع قطاع غزة، كما فجروا الأكمنة الحدودية. وتسلل آخرون عبر الأنفاق مدججين بأسلحة نارية ثقيلة، وتمكنوا من السيطرة على الشريط الحدودي بطول 60 كيلومتراً.
ثلاث مجموعات بحسب التحقيقات توجهت صوب سجون "المرج" و"أبوزعبل" و"وادي النطرون" لتهريب العناصر الموالية لهم، وباغتوا قوات تأمين السجون، واقتحموا العنابر والزنازين وقتلوا عمداً بعض الأشخاص وشرعوا في قتل آخرين.
كما مكنوا نحو 20 ألف سجين من الهرب، من بينهم الرئيس المعزول محمد مرسي، و34 عضواً من قيادات جماعة الإخوان المسلمين، وعناصر من حركة حماس الفلسطينية، وحزب الله اللبناني.
وطال قرار الإحالة الرئيس المصري المعزول، و131 شخصاً يحاكم منهم غيابياً 111 متهماً هارباً.
وأبرز الأسماء على لائحة الاتهام، إضافة إلى مرسي، عدد من قيادات الإخوان وعدد من مسؤولي كتائب عز الدين القسام، الجناح العسكري لحركة حماس، منهم رائد العطار عضو المجلس العسكري الأعلى للكتائب، وأيمن نوفل أحد قيادات حماس الميدانيين.