في عام 2003، تحولت البطولة الآسيوية إلى مسابقة دوري أبطال آسيا كما نعرفها الآن، وحينها كان الهلال مع الروماني ايلي بلاتشي شارك وودع المجموعة الثالثة بفوز وخسارتين.
بعدها بعام حضر إلى البطولة مع الهولندي أديموس، حل ثانياً خلف الشارقة الإماراتي، وحينها اكتفى بالفوز فقط على الشرطة العراقي، ليغيب عن البطولة القارية لموسم بعدها.
في 2006، شارك بقيادة البرازيلي ماركوس باكيتا المدرب والمصير نفسه ودع من المجموعة الثانية بعد أن حل ثانيا خلف العين، وفي العام التالي تخطى دور المجموعات لأول مرة-بعد أن أصبح اسمها دوري أبطال آسيا- من سيزيرو إلى باكيتا كان اولاريو كوزمبن المدرب في ربع النهائي حيث ودع الفريق المسابقة أمام الوحدة الامارات، وغاب الأزرق بعدها عن البطولة لعام.
في 2009، من كوزمين إلى جورج ليكنز وصلوا دور الستة عشر ركلات ترجيحية من نقطة الجزاء ابتسمت لأم صلال القطري وعبست بوجه الهلال، وبعدها بموسم وصل الهلال مع غيريتس إلى نصف النهائي قبل الخسارة مع ذوب آهن الإيراني 1-0 ذهاباً وإياباً.
مع الارجنتيني كالديرون في 2011 وصلوا إلى ثمن النهائي وخسروا مواجهة اتحاد جدة وغادروا البطولة، وبعدها حضر كومبواريه وخرج بنتيجة قاسية أمام أولسان الكوري الجنوبي في ربع النهائي.
في 2013 ودع الهلال البطولة من ثمن النهائي أمام لخويا القطري، وفي 2014 حضر سامي الجابر وقاد الفريق إلى ربع النهائي واستلم بعده ريجيكامب وبلغ النهائي قبل السقوط أمام سيدني الأسترالي.
وتعاظمت الآمال مع اليوناني دونيس، إلا أن تسديدة قوية في اللحظات الأخيرة أنهت كل شيء.
